畜牧学为江苏省重点一级学科，动物遗传育种与繁殖为国家重点（培育）学科和江苏省重点学科，该学科现有教授12人，副教授18人，博士生导师10名。先后承担国家、省部级科研项目100余项，总经费达2000余万元，发表学术论文400余篇，出版教材和专著40余部，获国家级和省部级成果奖15项。
本学科下辖动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学、特种经济动物饲养等3个硕士学位授权点，畜产品安全生产与加工工程硕士学位授权点为经国务院学位办备案的自主设置学科专业，拥有农业推广（养殖）硕士专业学位授予权，并建有畜牧学博士后流动站。
动物遗传育种与繁殖
本专业为国家重点学科(培育)、江苏省重点学科、江苏省产学研联合培养研究生示范基地、博士点学科。自1978年以来已招收培养180多名硕士生，目前在校硕士生110余名，本学科现有教授10名，副教授12名，博士生导师8名。2001年以来已招博士生30余名，2002年秋以来招收海外攻博留学生4名。数十年间本学科形成了务实、严谨、勇于进取的学风，造就了一个训练有素、思想活跃的学术群体。学科选定国际前沿并与国民经济发展密切结合的研究方向进行长期不懈的研究。尤其是遗传标记与动物育种、动物遗传资源评价保护与利用、数量遗传与动物育种、动物生殖调控研究与应用、动物胚胎工程与生物技术等5个稳定的研究方向，特色鲜明、互相渗透。目前上述方向中有的在国内同类学科中处于领先地位。
本专业近年来承担着国家863、国家自然科学基金以及省部级科研项目50余项，在研科研经费达1000万元。拥有分子遗传实验室、细胞遗传实验室、胚胎工程实验室、转基因工程实验室，新购进仪器设备达800余万元，确保了各项科研和博士生、硕士生科研活动的顺利开展。近5年来，全学科共发表论文350余篇，其中核心刊物发表达180篇，被SCI和EI收录30余篇。出编著作和教材25部，鉴定验收成果10项，成果转化8项，获省部级成果奖10项。
动物营养与饲料科学
学科现有教授5名，副教授7名。近三年中承担国家自然科学基金、国家科技部科技攻关、国家留学基金、江苏省自然科学基金、江苏省科技攻关、江苏省农业三项工程以及横向研究等科研项目30余项，总经费近400万元。获国家科委颁发重大科研成果奖1项，国家教委科技进步奖1项，江苏省科技进步奖5项。出版专著、高等农业院校教材和面向21世纪教材15部，科普书籍20部。在国内外学术期刊发表科技论文110篇。
特种经济动物饲养
本学科现为校级重点学科，2006年核准招生，学科选定蜜蜂、珍稀动物、特种禽类和特种水产研究为突破口，特别蜜蜂遗传资源研究和新产品开发方面取得了可喜的进展。主要研究方向有动物资源种质特性研究与利用，动物发育生物学与遗传工程，特种经济动物繁殖等。目前，本学科导师队伍年富力强、学术思想活跃，学风严谨，现有教授6人，博士生导师4人、累计招收博士生5名。本学科拥有分子遗传实验室、细胞遗传实验室、胚胎工程实验室、转基因工程实验室。承担国家、省和部级科研项目10多项。学科成立以来在国内外专业刊物发表研究论文50多篇。
畜产品安全生产与加工工程★
实验室等重点实验室和研究中心。学科的教师多年从事畜产品质量安全调控技术、畜产品检测、加工、畜牧生产过程中废弃物的资源化处理等研究工作，建立了一系列成熟的科学实验技术体系。形成了一支创新能力强，结构合理，以中青年为骨干，按照一定的人才梯队结构，整合基础研究，应用研究人才形成的复合型学科队伍。
★为经国务院学位办备案的自主设置学科专业
主要研究方向有：
1.畜产品质量安全调控技术
主要包括劣境下家畜禽生长发育和产品品质形成规律及安全调控；影响畜产品质量的主要动物疫病；动物生产环境的保护与修复；高度集约化生产体系中添加剂安全使用技术；无公害畜产品、绿色食品和有机食品生产的质量监控体系等。
2.畜牧生产过程中废弃物的资源化处理
畜牧生产过程中大量废弃物的排放是导致生态环境恶化的重要原因。对废弃物的资源化处理不仅可以减少环境的压力，同时还可以获得更大的经济效益。本研究方向主要研究动物生产过程中物质和能量的循环规律；探讨动物生产与其它产业链相结合的最佳方式；建立高效的资源化处理技术和规范，为环境友好型畜牧业的可持续发展提供理论和技术。
3.畜产品安全检测原理与新技术
主要包括动物生产系统中典型污染物分类、检测原理与方法；快速、高效、经济的畜产品安全检测方法的建立。
研究方向：反刍动物营养与调控技术；家禽营养代谢与环境；猪营养代谢与环境；动物微生态营养与分子营养。
本专业建有常规分析实验室、纯养分分析实验室、分子营养实验室、动物生产专业实验室（畜禽产品分析等）、畜禽环境卫生实验室、饲料原料与饲料（牧草等）生产实验室、饲料加工工艺实验室等学科实验室。另外，扬州大学实验农牧场、校外一批省级重点种畜禽场和饲料企业作为本学科的教学、科研基地，为培养研究生提供了良好的实验和实践条件。
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